Kann man auch Flashspeicher einbauen?

Ja, man kann sowohl einen "CF to IDE" als auch einen "SD to IDE" Adapter einbauen und die entsprechenden Karten als Speichermedium verwenden.
Allerdings braucht man dafür zwingend das neuste Bios(2.20).
Wechseln sollte man die Karten nur wenn das Z64 ausgeschaltet ist.
Ideal ist ein Adapter in einem 3,5 Gehäuse.
Bei dem Adapter muss man aufpassen einen zu kaufen, der den richtigen IDE Anschluss hat, da es auch welche gibt, die man direkt auf das Mainboard steckt.

Ein Adapter mit einem 3,5 Gehäuse von conrad:

Hier seht ihr einen Adapter von Dealextreme mit einer selbstgebastelten Halterung:

Und so kann es aus sehen, wenn man sich zwischen CF und HDD nicht entscheiden kann: